أُنشئت الكلية الجامعية للعلوم التطبيقية عام 1998، بقرار من وزارة التربية والتعليم العالي. وقدمت في البداية خدمة التعليم التقني والمهني للمجتمع الفلسطينية تحت اسم كلية مجتمع العلوم المهنية والتطبيقية. ثم تحولت عام 2007 إلى كلية جامعية، تمنح درجات البكاورويوس والدبلوم المتوسط والدبلوم المهني في أكثر من 60 تخصصاً معتمداً في مختلف المجالات.
وفي بداياتهان كانت تمنح شهادة الدبلوم المتوسط، ومع تحولها إلى كلية، بدأت بمنح البكالورويوس في 9 اختصاصات. كما استجلبت أفضل الخبرات الأكاديمية المكونة من 660 أكاديمياً، بينهم 270 من حملة شهادات الدكتوراه والماجستير، وذلك لتلبية متطلبات العمل في بيئة الكلية من النواحي الإدارية والمالية والفنية، كما وفّرت الكلية الجامعية كادراً إدارياً مؤهلاً في مختلف الوحدات والأقسام، بلغ عددهم 243 موظفاً وموظفة، ليسعى جميعهم لتقديم أفضل الخدمات لمجتمع الكلية من طلاب وأولياء أمورهم وهيئة تدريسية.
في عام 2009، استحدثت الكلية برامج التطوير، بحسب الخطّة المرسومة في تحسين مخرجات جودة التعليم وتعزيز ملاءَمتها، وفقاً لاحتياجات المجتمع المحلي والإقليمي، فأنشأت مركزاً لخدمة المجتمع، اشتمل على عدة مرافق مهمة، كمركز التعليم المستمر، وعيادة اضطرابات التخاطب، وشركة "مداد"، ووحدة الرسوم المتحركة. كذلك في العام 2009، افتتحت الكلية فرع للعلوم التطبيقية في خانيونس.
كما أن الكلية في جانب التخصصات التطبيقية، تعتمد بشكل كبير على المختبرات، وعددها 41 مختبراً، تضم 1050 جهازاً، يتم تحديثها دورياً، ولا سيما أن مواصفاتها مختبرات الكلية، تعتبر عالمية. كما يوجد في الكلية العديد من غرف "smart room" المجهزة بأحدث التقنيات التكنولوجية. هذا إضافة إلى مختبرات المحاكاة المتخصصة، وأبرزها مختبر المحاكاة للتمريض، والمحاكاة للمحاسبة، والمركز الإعلامي بمختلف وحداته، والمحكمة القانونية.

وبنت الكلية علاقات، على المستوى الإقليمي والدولي، عبر التعاون الأكاديمي مع المؤسسات التعليمية والأكاديمية المختلفة والمنظمات العربية والدولية.
ونالت الكلية في مسيرتها، عدة جوائز منها:
جائزة فلسطين الدولية للتميز والإبداع عام (2007)
جائزة المركز الأول في مسابقة صنع في فلسطين للعام (2009)
جائزة المركز الثاني في مسابقة صنع في فلسطين للعام (2010)
الحصول على شهادة الجودة الدولية (ISO 9001-2008 2011)