بدأ منظمة التحرير الفلسطينية التفكير في إنشاء الجامعة عام 1975، انطلاقاً من احتياجات الشعب الفلسطيني للتعليم العالي، في ظل أوضاعه السكانية والاجتماعية والاقتصادية تحت الاحتلال الإسرائيلي. وبطلب من منظمة التحرير الفلسطينية، قامت منظمة "اليونسكو" بإعداد دراسة الجدوى لمشروع الجامعة، التي استكملت عام 1980، وأقرها المؤتمر العام لـ "اليونسكو"، وفي عام 1981، أقر المجلس الوطني الفلسطيني المشروع، غير أن الاجتياح الإسرائيلي للبنان حال دون المباشرة في تنفيذه حتى العام 1985.
افتُتح للجامعة مقر موقت في عمان، أواخر العام 1985، بموافقة رسمية من وزارة الخارجية الأردنية، وتركز العمل خلال الفترة الواقعة بين (1985-1991) على إعداد الخطط الدراسية والكليات، واعتماد التخصصات العلمية، وإنتاج المواد التعليمية، وخاصة المطبوعة والكتب الطلابية والوسائط التعليمية المساندة السمعية منها والبصرية.
في العام 1991، باشرت الجامعة خدماتها التعليمية في فلسطين، متخذة من مدينة القدس مقراً رئيسياً لها. وأنشأت فروعاً ومراكز دراسية في المدن الفلسطينية الكبرى. ضمت في البداية مئات الطلبة، ثم أخذت أعداد الطلبة بها بالازدياد، عاماً تلو عام، إلى أن أصبح عددهم ما يقارب (45,000) طالباً. وقد خرّجت الجامعة الكوكبة الأولى من طلبتها عام 1997، وكانت هذه المرحلة في غاية الصعوبة، إذ شهدت منذ بداية ميلادها على أرض فلسطين تعاظم الانتفاضة الشعبية الفلسطينية، التي تفجرت ضد الاحتلال الإسرائيلي في العام 1987، كما عانت من آثار حرب الخليج، إذ سببت لها أزمات مالية في أحلك الأوضاع السياسية والاجتماعية والاقتصادية للشعب الفلسطيني.
وافتتحت الجامعة فروعاً لها في قطاع غزة، فكان الفرع الأول عام 1992 في غزة. وتتالت الفروع، فتم تأسيس فرع خان يونس عام 1999، ووفقاً لاستراتيجية الجامعة بتوفير مبان خاصة مملوكة فقد أنشئ مبنى جديد على قطعة أرض مساحتها (15) دونماً، وبدأت ممارسة الحياة الأكاديمية والإدارية فيه بداية العام الدراسي (2014/2013). وفي العام 2001، افتتح مقر فرع الجامعة في شمال غزة. وفي العام 2002، افتتح الفرع في المحافظة الوسطى، وحظي بأهمية خاصة، نظراً لموقع وسط قطاع غزة، ووفقاً لاستراتيجية الجامعة بتوفير مبان خاصة مملوكة، فقد أنشئ مبنى جديد على قطعة أرض مساحتها ستة دونمات ونصف الدونم، وبدأت ممارسة الحياة الأكاديمية والإدارية في مبنى الفرع الجديد بداية العام الدراسي (2014/2013). وفي الفترة ذاتها (2001-2002) افتتح فرع محافظة رفح رسمياً، ووفقاً لاستراتيجية الجامعة بتوفير مبان خاصة مملوكة فقد أنشئ مبنى جديد على قطعة أرض مساحتها عشرة دونمات، وبدأت ممارسة الحياة الأكاديمية والإدارية فيه بداية العام الدراسي (2014/2013).
تتبنى جامعة القدس المفتوحة، نظام المزاوجة بين التعليم التقليدي والتعليم الإلكتروني (المدمج)، الذي يتجاوز حدود الزمان والمكان، ويوفر فرص التعليم والتعلم بجودة عالية وتكلفة ملائمة. ويقوم على المقرر الدراسي المطبوع، والمحاضرات الصفية، واللقاءات والامتحانات الوجاهية، ومرتكزات التعلم الذاتي. ويوظف التكنولوجيا الحديثة في العملية التعليمية، خاصة التعلّم الإلكتروني، بأدواته ووسائله كافة، بأسلوب من التعليم المبرمج، والأنشطة العملية والتدريبية، لخدمة المتعلم واستقلاليته، ولتكون مكملة للقاءات الوجاهية ضمن معايير وشروط الالتحاق بأنظمة التعليم التقليدي والحديث.