أُنشئت بقرار من وزارة التعليم العالي في عام 1998، تحت مسمى كلية مجتمع العلوم المهنية والتطبيقية. وقد كانت عندئذ، المؤسسة الأكاديمية الوحيدة في قطاع غزة، التي تقدّم التعليم التطبيقي.
وفي عام 2007، تحولت من كلية تمنح شهادة الدبلوم المتوسط، إلى "كلية جامعية" تمنح درجة البكالوريوس، لنحو 9 اختصاصات في مختلف المجالات. كما استجلبت أفضل الخبرات الأكاديمية المكونة من 660 أكاديمياً، بينهم 270 من حملة شهادات الدكتوراة والماجستير، استجابة لمتطلبات العمل في بيئة الكلية من النواحي الإدارية والمالية والفنية. كما وفّرت الكلية الجامعية كادراً إدارياً مؤهلاً في مختلف الوحدات والأقسام بلغ عددهم 243 موظفاً وموظفة، لتقديم أفضل الخدمات لمجتمع الكلية، من طلاب وأولياء أمور وهيئة تدريسية. وواصلت الكلية، رفد السوق المحلّي بنخبة من الخريجين الذين احتلوا مراكز مهمة في المؤسسات المحلية والإقليمية في القطاع الحكومي والأهلي، إضافة إلى مواصلة عدد من أبنائها تعليمهم الأكاديمي للحصول على شهادة البكالوريوس والماجستير. وقد بلغ عدد الخريجين أكثر من أربع وعشرون ألف خريج وخريجة.وفي عام 2009 استحدثت الكلية برامج التطوير، بحسب الخطّة المرسومة في تحسين مخرجات جودة التعليم، وتعزيز ملاءَمتها وفقاً لاحتياجات المجتمع المحلي والإقليمي، فأنشأت الكلية الجامعية مركزاً لخدمة المجتمع، اشتمل على عدة مرافق مهمة، كمركز التعليم المستمر، وعيادة اضطرابات التخاطب، وشركة مداد، ووحدة الرسوم المتحركة. واستمرار لبرنامج التطور في الكلية، افتتح فرع للكلية في خانيونس عام 2009، خدمة لطلبة محافظات جنوب القطاع.
وتُعتبر الكلية الجامعية للعلوم التطبيقية من أكبر الكليات التقنية في فلسطين، وهي تقدم خدماتها الأكاديمية لنحو 6000 طالب وطالبة، في أكثر من 60 اختصاص في درجات البكالوريوس والدبلوم المتوسط والدبلوم المهني. لتلبي حاجات ورغبات سوق العمل الملحة.