بدأت فكرة إنشاء جامعة في قطاع غزة لدى مجموعة من الشخصيات الفلسطينية الفاعلة عام 2005، وبوشر بإنشاء مباني ومرافق الجامعة، على الأرض التابعة لها في منطقة تل الهوا في مدينة غزة. وفي الوقت نفسه بوشر في إجراءات ترخيص الجامعة، واعتمادها من وزارة التربية والتعليم العالي الفلسطينية.
وفي 18 تموز/يوليو 2007، حصلت جامعة غزة، على الترخيص المبدئي، لتصبح مؤسسة تعليم عالٍ جديدة، معتمدة لدى وزارة التربية والتعليم العالي. وفي 27 كانون الثاني/يناير 2008، حصلت الجامعة على الاعتماد العام، لتصبح مؤسسة تعليم عالٍ جديدة بدءاً من العام الدراسي (2008/2009)، ثم توالى بعد ذلك حصولها على الاعتماد الخاص لكلياتها وبرامجها المعلنة.