فجّرت قوات الاحتلال، مباني الجامعة جنوبي غزة، بالكامل، في 18 يناير 2024، وأظهر فيديو بثته قنوات ومواقع إسرائيلية لحظة تفجير جيش الاحتلال لمباني الجامعة. وأظهرت مواقع وصحف تابعة للاحتلال، أن مثل هذه العمليات، كتفجير جامعات أو مؤسسات تعليمية، تتطلب موافقة خاصة من رئيس أركان الجيش، وفي المقابل، وبعد مطالبات من الولايات المتحدة الأميركية، بتقديم توضحيات من إسرائيل بشأن تفجير مبنى جامعة فلسطين، زعم مكتب رئيس هيئة الأركان والقيادة الجنوبية في جيش الاحتلال الإسرائيلي، بأنهما لم يعلما عن تفجير الجامعة إلا من وسائل الإعلام، وقالا إن التفجير جاء دون الحصول على الموافقة المطلوبة من أجل ذلك.

وفي 13 مارس 2024، أعلن جيش الاحتلال الإسرائيلي أنه تم توبيخ قائد الفرقة 99، الجنرال باراك حيرام، رسمياً بسبب قيامه بتفجير جامعة في قطاع غزة في وقت سابق، من دون الحصول على التصريح اللازم، وفقا لما ذكرته صحيفة "تايمز أوف إسرائيل". وبحسب تقرير الصحيفة، فإن التوبيخ، جاء جراء تفجير جامعة الإسراء. 

 ولما فجر جيش الاحتلال مبنى الجامعة بالكامل في مدينة الزهراء، في 1 أبريل 2024، أصدرت الجامعة بياناً، أدانت فيه فعل الاحتلال. وأكدت أن "الاستهداف الإسرائيلي  للجامعه يأتي استمراراً للمشهد الإسرائيلي العدواني الذي استهدف كافة مؤسسات التعليم العالي في قطاع غزة." وأضاف البيان أن: "تدمير مقار الجامعة في مدينة الزهراء وقبلها التدمير الكامل لفرع خان يونس، هي جريمة ومخالفة وانتهاك واضح لكافة القوانين والمواثيق والأعراف الدولية التي تحمي المؤسسات التعليمية والأكاديمية، وإذ تؤكد جامعة فلسطين أن حرمها ومقارها منشاة مدنية تعليمية." وأكدت الجامعة في بيانها عزمها: "المضي قدماً والقيام بواجباتها تجاه أبنائها الطلبة" مؤكدة أنها "سوف تعمل مع كافة الجهات لإعادة دور ورسالة  الجامعة." كما حثت "كل المؤسسات الدولية المعنية لمساءلة الاحتلال الإسرائيلي لارتكابه هذه الجريمة النكراء."