أنُشئت الجامعة الإسلامية في غزة انبثاقاً عن معهد الأزهر الديني. فقد اتخذت لجنة المعهد قراراً بـ 12/4/1977 بتطوير المعهد إلى جامعة إسلامية تضم بصورة أولية كلية الشريعة والقانون وكلية أصول الدين وقسم اللغة العربية. فافتتحت عام 1978، وبدأ الطلاب يدرسون في الكليات والأقسام المتوفرة.وفي العام الجامعي 1979-1980 افتتحت كليتا أصول الدين والتربية، وفي العام التالي افتتحت كليتا التجارة والعلوم، وفي العام الجامعي 1985-1986 قررت الجامعة افتتاح كلية التمريض، إلا أنها اضطرت لتأجيل ذلك بسبب رفض سلطات الاحتلال، فعادت وافتتحتها في العام الجامعي 1992-1993، كما افتتحت في نفس العام كلية الهندسة، وفي العام الجامعي 2004-2005، افتتحت كلية تكنولوجيا المعلومات، وفي عام 2006 افتتحت كلية الطب.
بدأت الجامعة الإسلامية في العام الجامعي 1978-1979، بـ 25 طالباً، وهيئة تدريسية مكونة من 5 أعضاء، أحدهم يحمل درجة دكتوراه و4 يحملون درجة الماجستير. فاستعانت الجامعة بعدد من المحاضرين من حملة درجة الدكتوراه من جامعات الضفة الغربية. ومنذ ذلك التاريخ تطورت هيئة التدريس مع زيادة عدد الكليات، وتطور وتعدد البرامج الأكاديمية، ووصل عدد حملة درجة الدكتوراه والماجستير في العام الجامعي 2007-2008 إلى (339) عضو هيئة تدريس، وهم (221) من حملة درجة الدكتوراه، و(118) من حملة الماجستير، بالإضافة إلى (48) معيداً يعملون مساعدي تدريس أو فنيي مختبرات.
بلغ عدد الطلاب الذين التحقوا بالجامعة الإسلامية (25) طالب وطالبة في العام الجامعي 1978-1979، وبعد عشر سنوات أصبح عدد الطلاب والملتحقين (358) في العام الجامعي 1988-1989، وفي العام الجامعي 1998-1999 بلغ عدد الطلاب والطالبات (8615)، وفي العام الجامعي 2008-2009 بلغ عدد الطلاب والطالبات (20.396). وفي العام الجامعي 2022/2023 نحو (17.874) طالبًا وطالبة، منهم (16.212) في مرحلة البكالوريوس، و(1662) في مرحلة الدراسات العليا.
وفي المقابل فقد بلغ عدد الطلبة الذين تخرجوا من الجامعة الإسلامية بغزة ثلاثة من الطلاب في العام الجامعي 1981-1982، وبعد عشر سنوات في العام الجامعي 1991-1992 تخرج من الجامعة (197) طالب وطالبة، وفي العام الجامعي 2001-2002 تخرج من الجامعة (1609) طالباً وطالبة، وفي العام الجامعي 2008-2009 تخرج من الجامعة (3.355) طالب وطالبة، وبذلك يصبح عدد الذين تخرجوا من الجامعة (22.448) طالباُ وطالبة، ومع العام الجامعي 2021-2022 بلغ إجمالي خريجي وخريجات الجامعة منذ التأسيس (87.487) خريجًا وخريجة.
والجامعة الإسلامية اليوم، مؤسسة أكاديمية مستقلة من مؤسسات التعليم العالي، تعمل بإشراف وزارة التربية والتعليم العالي، وهي عضو في: اتحاد الجامعات العربية، ورابطة الجامعات الإسلامية ، واتحاد الجامعات الإسلامية ، ورابطة جامعات البحر الأبيض المتوسط، والاتحاد الدولي للجامعات، وتربطها علاقات تعاون بالكثير من الجامعات العربية والأجنبية.
كما نالت الجامعة الإسلامية العديد من الجوائز:
نالت الجامعة الإسلامية خلال مسيرتها العديد من الجوائز
جائزة أفضل جامعة فلسطينية للعام 2013.
جائزة أفضل إدارة للعام 2013.
جائزة النجمة الدولية للريادة في الجودة عام 2013.
كما حصلت في العام 2022ـ على المرتبة الأولى فلسطينياً، والـ29 عربياً، وفق تصنيف "يوني رانك" العالمي. أما في العام 2022، ووفقا للتصنيف نفسه، فقد حصلت على المرتبة الأولى في غزة، والرابعة في فلسطين والـ27 على مستوى الجامعات الناطقة باللغة العربية للعام 2022.
وفي 21/10/2012، منحت الجامعة الإسلامية بغزة درجة الدكتوراه الفخرية للمفكر العالمي نعوم تشومسكي رسمياً، وبحضور مسؤولي الجامعة، وذلك خلال زيارة تشومسكي للقطاع على رأس وفد يضم عشرة مفكرين غربيين، للمشاركة في مؤتمر علمي حول اللغويات والأدب تنظمه الجامعة.
وشكر تشومسكي أثناء الحفل الذي أقيم بالمناسبة الجامعة الإسلامية في غزة على تقديرها له ومنحه درجة الدكتوراه الفخرية، وقدّر حفاوة الاستقبال الذي لقيه في الجامعة منذ لحظة دخوله قطاع غزة. وبدوره قال رئيس مجلس أمناء الجامعة جمال الخضري "إن منح تشومسكي هذه الدرجة، تعبير عن عميق تقدير الجامعة لمواقفه الإنسانية النبيلة في مساندة الشعب الفلسطيني والتضامن معه"